唾液菌群的直接PCR扩增-高分辨率熔解曲线分析及其法医学应用    

Analysis of Salivary Bacterial Community by Direct PCR and High Resolution Melting Curve and Its Forensic Applications

中文题名：唾液菌群的直接PCR扩增-高分辨率熔解曲线分析及其法医学应用

作者：杨瑞 陈炯 赵贵森

第一作者：杨瑞

机构：[1]河南科技大学法医学院,河南洛阳471023

年份：2022

卷号：38

期号：6

起止页码：709-718

中文期刊名：法医学杂志

中文关键词：法医遗传学;高分辨率熔解;聚合酶链反应;唾液;菌群结构;

摘要：目的 建立一种基于直接PCR(direct PCR,dPCR)扩增和高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)曲线分析的唾液菌群快速检测技术,评估其法医学应用价值。方法 离心收集唾液中的细菌后重悬于Tris-EDTA(TE)缓冲液,直接作为模板用于16S rDNA V4区的扩增和HRM曲线分析,即dPCR-HRM,计算样本HRM图谱相对于参考图谱的判型置信度(genotype confidence percentage,GCP)。以传统的试剂盒(kit)提取模板DNA后再行PCR-HRM(即kPCR-HRM)为参考,验证dPCR-HRM的可行性。用dPCR-HRM法分析梯度稀释模板、群体样本和模拟唾液斑样本,评估其灵敏度、分型能力和检材适应性。结果 dPCR-HRM法可在90 min内得到唾液菌群的HRM图谱,与kPCR-HRM法之间的GCP>95.85%。应用dPCR-HRM法,一般个体0.29 nL的唾液即可测得菌群HRM型。61例唾液样本可分为10种型,8 h之内的唾液斑与新鲜唾液分型相同(GCP>90.83%)。结论 dPCR-HRM技术可用于唾液菌群的快速分型,且具有成本低、操作简单等优点。

分类号：DF795.2[法医物证检验学]

收录：化学文摘（网络版）;CSCD:【CSCD_E2021_2022】；医学文摘;日本科学技术振兴机构数据库;生物医学检索系统;RCCSE;文摘与引文数据库;中国科技核心期刊;普通刊;